Cuando Disney compró 20th Century Fox, el estudio estaba preparando varios proyectos relacionados con los X-Men. Dos de ellos ya estaban rodados y editados, X-Men: Fénix Oscura y Los Nuevos Mutantes. Otros como Gambito, X-Force o Multiple Man fueron directamente cancelados.

X-Men: Fénix Oscura llegó a los cines, y fue un auténtico fracaso, tanto que incluso ha supuesto pérdidas para la compañía. En cuanto a Los Nuevos Mutantes, entre rumores de un posible estreno directamente en Disney+, la película finalmente fue retrasada de nuevo y recibió fecha de estreno para el 3 de abril de 2020. Eso sí, Disney se replanteó la forma de abordar ese estreno, invirtiendo dinero y con una vuelta al rodaje y la sala de edición. Con esto esperan recuperar parte de la inversión, y aunque se ha informado que Disney no confía mucho en la película, recientes proyecciones de prueba han tenido resultados bastante positivos.

Entre los cambios realizados por Disney en la película, informan que se han cortado todos los lazos y referencias que había hacia el universo de los X-Men de Fox. El objetivo sería separar la película de algo que sabemos que no va a continuar, y dejar el concepto de «mutante» como algo ambiguo en caso de que Kevin Feige quiera incorporar la película o a sus personajes en el Universo Cinematográfico de Marvel.

La historia de Los Nuevos Mutantes está ambientada en unas instalaciones secretas donde se realizan experimentos con mutantes, y el personaje principal (Danielle Moonstar) no sabe que es una mutante o el significado de la palabra. Moonstar es llevada a las instalaciones después de un ataque del Oso Demonio (Demon Bear).

Los lazos con las otras películas de los X-Men tenían que ver principalmente con la Corporación Essex, que fue introducida en X-Men: Apocalipsis (2016). Aparentemente, Mr. Siniestro (Mr. Sinister) iba a ser el hombre que mueve los hilos desde las sombras en Los Nuevos Mutantes. Jon Hamm iba a interpretar inicialmente al villano en una supuesta escena post-créditos que finalmente fue descartada.