Al igual que el resto de colecciones mutantes y vengadoras, Avengers Academy también contará con números relacionados directamente con el evento Avengers Vs. X-Men. Aquí os dejamos las portadas de los números 29 y 30, ambas de Giuseppe Camuncoli, mostrando la primera algo relacionado con los Centinelas, y mostrando la segunda un enfrentamiento entre un joven vengador y un veterano mutante.